Lê Trung Tuấn sinh ra trong một gia đình gia giáo, có truyền thống cách mạng. Cha ông là Lê Văn Thùy (sinh ra ở xã Yên Lộc, Kim Sơn, Ninh Bình), từng là sĩ quan quân đội. Mẹ là bác sĩ Lương Thị Vân, từng là Chủ nhiệm khoa Sản, Bệnh viện Duy Tiên (tỉnh Hà Nam).
Gia đình ông có ba anh chị em, một chị gái tên Thúy và một anh trai nuôi tên Kiên (Mẹ ông sau 6 lần sẩy thai mới sinh được ông nên trước đó đã nhận con nuôi cho nó “đứng đầu đứng số” theo quan niệm duy tâm).[1]
